Im Jahre 1665 wollte Herzog Friedrich Wilhelm II. für seine Frau Magdalena Sibylle Vorsorge treffen und ihr einen besonders schönen Witwensitz in Altenburg bauen lassen. Seine Wahl fiel auf den kleinen Berg gegenüber dem Schloss. Magdalena sollte, wenn sie einmal alt wäre, immer das Schloss vor Augen haben. Im gleichen Jahr wurde das gesamte Grundstück abgesteckt und mit dem Bau der Fundamente des quadratischen Schlosses begonnen. Und da geschah das Unfassbare: Die junge Herzogin Magdalena Sibylla stirbt am 06. Januar 1668. Mit ihrem Tod stockte der gesamte Weiterbau und das unvollendete Gebäude wurde als Kornmagazin genutzt.
1702 wandte sich Freifrau von Gersdorff, eine treue Lutheranerin und überzeugte Pietistin, an Herzog Friedrich II von Sachsen-Gotha-Altenburg mit der Bitte um Unterstützung für den Aufbau eines evangelisch-lutherischen Stifts. Dort sollten adlige „Capitularinnen“, das waren unversorgte Frauen, leben und adlige Kinder im evangelischen Sinne unterrichtet und erzogen werden. Der Fürst trat ohne Zögern für die Pläne ein und schenkte dem Stift seinen heutigen Grund und Boden. 1703 wurde mit der Fertigstellung des Gebäudes begonnen. Am 04. Dezember 1705 läuteten die Kirchenglocken in Altenburg und die Einweihung des Stifts wurde feierlich begangen.
Seit 1705 erfüllte das Magdalenenstift über zwei Jahrhunderte seinen Dienst als Internat und Mädchenschule für junge adlige Damen im Sinne einer evangelischen Erziehung. Um als Stiftsfräulein aufgenommen zu werden, mussten die Mädchen 7 Jahre alt sein, die Ausbildung war bis zum 17. Lebensjahr möglich. Der dreiklassige Unterricht und die Ausbildung erfolgte durch die Stiftspfarrer, Lehrkräfte aus der Stadt und im Stift angestellte adlige Damen.
Das Gebäudeensemble wurde Schritt für Schritt erweitert: So entstanden 1708 die Grabkapelle, 1710/11 ein Erstes Pfarrhaus, 1820 das Damenhaus, 1866/67 der Neubau des Pfarrhauses, 1870/71 die Stiftskirche, 1878 das Verbindungshaus, 1890/91 der Nordostflügel und 1898 die Turnhalle, die 1911 noch einmal aufgestockt wurde.
Ostern 1938 wurde im ganzen Deutschen Reich eine neue Schulordnung eingeführt. Für das Magdalenenstift war die Durchführung der Verordnungen über Privatschulen einschneidend. Die Schulklassen mussten aufgelöst werden und die Genehmigung zur Weiterführung des Schulbetriebes wurde nach Ostern 1939 nicht mehr erteilt. Maria von Wedemeyer arbeitete im Jahr 1944 eine Zeitlang als Erzieherin im Magdalenenstift. Im September 1944 wurde auch der Internatsbetrieb verboten. Das Magdalenenstift musste einen Mietvertrag mit dem Land Thüringen abschließen und seine Räumlichkeiten einer Deutschen Heimschule zur Verfügung stellen.
Nach Kriegsende konnte die Stiftung erhalten werden und wurde im Dezember 1945 der Inneren Mission der Ev.-Luth. Landeskirche Thüringens unterstellt. Ab 1946 beherbergte das Magdalenenstift neben dem Internat die Altenburger Bibelgesellschaft, die 1992 aufgelöst wurde, sowie von 1948 bis 1960 ein Seminar zur Ausbildung von Katechetinnen.
Mit dem Einzug eines Kindergartens 1958 und dem Aufbau des Blindenheimes 1961 begann eine neue Zeit im Stift. 1970 wurde das Internat aufgelöst und zwei Jahre später wurde die letzte Pröpstin Elisabeth Börger verabschiedet. Allerdings besteht noch heute ein Verein ehemaliger Stiftskinder.
Heute ist das Magdalenenstift ein regionale verwurzelte soziale Stiftung im Geist des Evangeliums und der Diakonie. Generationen verbinden – der Leitgedanke bestimmt ihre Arbeit für die Menschen. Unter dem Dach der Stiftung sind Einrichtungen der Kinder- und Jugendhilfe, der Alten- und Krankenpflege und vielfältige Hilfsprojekte vereint. Jung und Alt sind in einem beeindruckendem historischen Ambiente verbunden!